Заповедник является природоохранным, научно-исследовательским и эколого-просветительским учреждением.

В основные задачи заповедника входит:

- охрана заповедной территории в целях сохранения биологического разнообразия и поддержания в естественном состоянии охраняемых природных комплексов и объектов;

- проведение научных исследований и экологического мониторинга по программе «Летопись природы»;

- экологическое просвещение и природоохранная пропаганда среди населения.

Особые задачи заповедника:

• сохранение, изучение и восстановление популяции аборигенного западносибирского речного бобра;

• разработка научно-практических рекомендаций по сохранению редких и ценных видов животных и растений;

• участие в развитии сети ООПТ региона;

• участие в государственной экологической экспертизе проектов и схем размещения хозяйственных и иных объектов;

• содействие в подготовке научных кадров и специалистов в области биологии, экологии, охраны природы и заповедного дела.

Заповедник «Юганский» создан с целью сохранения в естественном состоянии западно-сибирских среднетаёжных биогеоценозов со всей совокупностью их компонентов; изучения в них естественного течения природных процессов и явлений; разработки научных основ охраны природы.

Участки земли, её недра и водные пространства со всеми находящимися в их пределах природными объектами были изъяты из хозяйственной эксплуатации и предоставлены в бессрочное пользование государственному заповеднику «Юганский» в установленном порядке. Изменение границ и реорганизациязаповедника могут быть произведены только Правительством Российской Федерации.

Территория заповедника разделена на три участка: Нёгусъяхский, Малоюганский и Тайлаковский.

В соответствии с Решением № 293 от 14 сентября 1981 года вокруг заповедника выделена охранная зона шириной 2 км и площадью 93 893 га. Охранная зона выделена для снижения отрицательного воздействия хозяйственной деятельности на природные комплексы и объекты заповедника. На территории охранной зоны разрешено проведение некоторых хозяйственных работ после согласования землепользователей с заповедником, с учётом необходимости предотвращения ущерба его природным объектам. В пределах охранной зоны по согласованию с землепользователями могут выполняться научно-исследовательские и опытно-производственные работы.