Федеральное государственное учреждение «Государственный природный заповедник «Хакасский»» является природоохранным, научно-исследовательским и эколого-просветительским учреждением федерального значения.

Охрана природных комплексов и объектов на территории заповедника и его охранной зоны осуществляется специальной государственной инспекцией по охране территории заповедника, работники которой входят в штат отдела охраны заповедника.

Научно-исследовательская деятельность в самом заповеднике и его охранной зоне направлена на изучение природных комплексов и долговременное слежение за динамикой природных процессов с целью оценки и прогноза экологической обстановки, разработки научных основ охраны природы, сохранения биологического разнообразия, воспроизводства и рационального использования природных ресурсов.

Эколого-просветительская деятельность заповедника направлена на обеспечение поддержки идей заповедного дела широкими слоями населения как необходимого условия выполнения заповедником поставленных перед ним задач, содействие в решении региональных экологических проблем, участие в формировании экологического сознания населения и развитии экологической культуры. Непосредственная организация и выполнение эколого-просветительской работы осуществляется специализированным подразделением заповедника – отделом экологического просвещения.